נחשון החלה את דרכה בישוב נילי, במועצה האזורית מטה בנימין, שם פעלה בין השנים 2002-1997 (מחזורים א'-ה'). בשנת 2002 עברה המכינה לקיבוץ נתיב הל"ה ושם פעלה עד שנת 2006 (מחזורים ו'-ט'). בשנת 2006 התמקמה נחשון באתר ההיסטורי מצודת יואב, בסמוך לקיבוץ שדה יואב, וב-2007 נפתחה קבוצה נוספת בקהילה החינוכית "מבואות הנגב", בקיבוץ שובל.
מצודת יואב
מצודת יואב נמצאת בסמוך לקיבוץ שדה יואב, על כביש 35, המחבר בין קרית גת ואשקלון. המצודה משמשת את חטיבת החי"ר גבעתי כמוזיאון וכאתר הנצחה. במתחם המצודה נמצא גם בסיס של"ח וידיעת הארץ. מאז 2006 נמצאת במתחם נפרד גם מכינת נחשון. הסמיכות בין מתחם חטיבת גבעתי ומתחם המכינה יצרה קשר בין נחשון וגבעתי כיחידה מאמצת. המצודה נמצאת בשטחה המוניציפלי של המועצה האזורית יואב, המסייעת לנחשון במיקומה זה.
מצודת יואב ידועה גם בשמה "משטרת עיראק סווידאן".
מבואות הנגב
לאור ביקוש רב של בוגרי ובוגרות י"ב להגיע למכינת נחשון החליטו חברי העמותה וראשי המכינה ב-2007 על פתיחת קבוצה נוספת, במקום שונה. מועצה אזורית בני שמעון והעומדים בראשה ראו בנחשון פרוייקט חינוכי חשוב, שבוגריו הם מודל ראוי לתלמידי השכבות הבוגרות במועצה, והחליטו להביא את נחשון אל תוך הקמפוס החינוכי "מבואות הנגב" בקיבוץ שובל.
בקמפוס זה חיים יחד בית הספר הניסויי "מבואות הנגב", קבוצות נעל"ה, המרכז לחינוך חברתי-ערכי וכיום גם מכינת נחשון. קיבוץ שובל, כידוע, הוא אחד מ-11 הנקודות שעלו לקרקע במוצאי יום הכיפורים 1946. | 
